马拉松运动起源于公元前４９０年的古希腊。相传，希腊人和波斯人在希腊的马拉松镇进行了一场战争，希腊人取得了胜利。为了把胜利的消息送到雅典，派了一个名叫菲力比斯的战士，从马拉松一直跑到雅典。他到达目的地埘精疲力尽，报告完胜利的消息后就死了。为了纪念菲力比斯，１８９６年的第一届现代奥林匹克运动会上，举行了从马拉松镇到雅典的长跑比赛，定名为马拉松赛。
世界马拉松赛的标准距离40.公里是第四届伦敦奥运会确定的。
世界各地的多个马拉松赛是唯一由世界顶级高手和业余爱好者同场竞技的田径项目，因而马拉松得到了广泛的发展。波士顿马拉松赛开始于年，是历史最悠久的城市马拉松比赛。声誉仅次于波士顿的纽约马拉松创办于年，参赛者最多时超过10万人，声势浩大。诞生于年的伦敦马拉松赛，则是历史上产生男女世界最好成绩最多的城市。每年４月份在荷兰小城鹿特丹举行的马拉松赛也享誉全球。
马拉松在亚洲也有很好的发展，创办于年的福冈马拉松赛是亚洲历史最久的男子马拉松赛事，每年12月初举行，而每年１月举行的大阪马拉松则只设女子项目。
马拉松在中国也有一定的发展。创办于年的北京国际马拉松赛是中国规模最大的城市马拉松比赛，也是世界十大马拉松赛事之一，每年10月份的第二个星期日举行。创办于年的大连马拉松已经成功举办了15届。
马拉松赛是“马拉松第一人”斐里庇得斯的雕像一项长跑比赛项目，其距离为42.公里（也有说法为42.公里，但比赛都是用42.公里）。这个比赛项目的起源要从公元前年9月12日发生的一场战役讲起。
这场战役是波斯人和雅典人在离雅典不远的马拉松海边发生的，史称希波战争，雅典人最终获得了反侵略的胜利。为了让故乡人民尽快知道胜利的喜讯，统帅米勒狄派一个叫菲迪皮茨的士兵回去报信。
菲迪皮茨是个有名的“飞毛腿”，为了让故乡人早知道好消息，他一个劲地快跑，当他跑到雅典时，已上气不接下气，激动地喊道
为了纪念这一事件，在年举行的现代第一届奥林匹克运动会上，设立了马拉松赛跑这个项目，把当年菲迪皮茨送信跑的里程——42.公里作为赛跑的距离。马拉松原为希腊的一个地名。在雅典东北30公里。其名源出腓尼基语marathus，意即“多茴香的”，因古代此地生长众多茴香树而得名。体育运动中的马拉松赛跑就得名于此。