雅典大瘟疫于伯罗奔尼撒战争的第二年即公元前年初夏降临雅典,后来这场瘟疫又从雅典向其他地方扩散。之后，在公元前年即伯罗奔尼撒战争第5年末，瘟疫第二次在雅典人中间爆发。第二次瘟疫延续了一年。公元前年底以后，瘟疫似乎放过了雅典人，无声无息地走了。
伯罗奔尼撒战争示意图是什么原因促使这场来势汹汹的瘟疫最后悄然退出了雅典？
从修昔底德的记述来看,雅典瘟疫的最终停止，并不是人为治疗的结果，因为修昔底德一再谈到“医生们完全不能医治这种病症”,“任何技术或科学都毫无办法”。
有两个流传久远的传说解释了雅典瘟疫的结束。
传说一：当瘟疫袭击雅典的时候，雅典人派代表去提洛岛请示阿波罗神谕。神说,
要想遏止瘟疫，得将阿波罗神殿中那个祭坛加大一倍。祭坛是个正立方体。雅典人最初把祭坛每一边加长了一倍,结果体积增加了八倍，瘟疫依旧蔓延。雅典人情急之下省悟到神谕的意思是要把祭坛的体积增大一倍，也就是正方体的每边增至原来边长的3/2倍。结果他们照此增大了祭坛，于是瘟疫就停止了。
在古希腊，太阳神阿波罗同时也是医疗之神,雅典人在遭受瘟疫袭击时去阿波罗的圣地提洛岛向神求救，并因为神谕而改造祭坛，极有可能是真实发生的事。但这个传说解答不了瘟疫究竟是如何终结的问题，它充其量暴露了雅典人在面对瘟疫时的恐慌与盲目。
传说之二,在雅典瘟疫发生不久,有一位马其顿国王的御医，甘冒生命危险前往雅典救治病人。这位御医到雅典后，经过四处査访,发现全城只有一种人没有染上瘟疫,就是每天同火打交道的铁匠。由此他暗自揣测，难不成大火可以制止瘟疫的肆虐？于是他便让人们在全城各处燃起了火堆。炙热的火焰在阵阵海风中卷动，扬起的浓浓烟雾在城内四处飘散。在火与烟的逼迫下，疫情开始缓解，雅典终于得到了拯救。这位御医，据说就是希波克拉底。
伯罗奔尼撒战争史将雅典瘟疫的终结归因于希波克拉底发现了火的妙用，这个说法有其合理之处。火与浓烟，对空气具有一定的消毒净化作用，而且燃火能使城市空间变得干燥并适于居住，故在城里四处点燃火堆的做法，在当时的技术条件下，不失为一种有效的辅助抗击瘟疫的手段。医圣张仲景在汉末教民防治瘟疫的办法之一，就是焚香。古典时期的希腊,人们相信火能治疗疾病。传世的“希波克拉底格言”中说,用药治疗不了的疾病,手术刀可以做到；手术刀治疗不了的，火可以治疗;而火治疗不了的,那就一定没救。
希波克拉底是否到过雅典并用火将雅典从瘟疫中拯救出来，现在已经难以考证。虽然可以肯定，在雅典瘟疫肆虐的那些日子里,医生不会缺席，但医生及其掌握的技术和药品在面对瘟疫流行时究竟起到了何种作用,恐怕不宜估计过高。
按照《枪炮、病菌与钢铁》一书的意见，在人类历史上曾经出现过的大多数流行病之所以在其发生地沉寂下来，主要是因为受过感染的康复者体内产生了抗体,获得了免疫力。修昔底德的记述可以证实这一点。修昔底德写道:“那些自己得了瘟疫后来痊愈的人”，“不再为他们自己担心了，因为从来没有人第二次得这种病——即使第二次染上这种病，也不会致死”。可见，康复者获得了免疫力。那么，随着瘟疫的持续，活着的人中具有免疫力者的比例越来越高,直到达到这样一个临界点:瘟疫几乎找不到可供其肆虐的载体,这时,瘟疫自然就消失了。