全球历史中，与战争相关的因素有很多。瘟疫与战争的关系是这些关系中之一。细菌在不良和恶劣的卫生环境下容易滋生，正是战争为瘟疫的爆发提供了滋养细菌的条件。军队因战争的要求而出征，百姓因处于恐慌中而出逃，大量的人口流动加大了传染率。同时瘟疫也影响着战争的进程和结果。总之，在世界历史上，战争和瘟疫相伴而生，两者相辅相成。瘟疫和战争的存在多次成为了人类的灾难，甚至影响了古希腊政治的发展和变迁。
一、伯罗奔尼撒战争引发瘟疫
根据希腊医生和哲学家盖伦的理论：瘟疫是在战争中不良卫生条件的后果。其中最为典型的例子便是古代雅典瘟疫。关于古代雅典社会瘟疫流行病的情况，西方医学史专家为人们提供了线索。事实上，早在（前-前）伯罗奔尼撒战争前，也就是希腊抵抗波斯战争期间（前-前），希腊半岛就很可能有流感、结核白喉一类瘟疫病的发生。
根据“西方历史学之父”希罗多德《历史》记载，波斯军队在远征的路途中，因为粮食匮乏，喂马的食草短缺，波斯军队经过的地方都会大肆掠夺粮草。为了解决军队的饥饿问题，只好迫切地解决需求而违反根深蒂固的帝国军队条例。所以，我们看到的希罗多德笔下所描述的波斯军队是这样的，“不管遇到什么民族，也不管经过什么地方，他们都掠夺当地的粮食谷物，如果找不到粮食谷物，他们便剥下树皮，采掘地上长着的草还有摘下树叶，狼吞虎咽地吃——不管他们是野生的还是人工栽种的，都一样统统地吃掉。他们离开的时候，当地的状况是寸草不生、片甲不留……”
更加令人毛骨悚然的是，这支远征的大部队感染上了可怕的痢疾和流行病，患者与日俱增，死亡率难以控制。波斯军队不得不把这些感染流行病的患者留给当地的居民照顾。从记载上分析，军队途径的地区很广泛，这就直接导致了健康人携带和患病者感染的细菌在沿途地区肆意传播。
由此推理，波斯战争期间，波斯军队把这些病菌带到了希腊半岛上，古代希腊尤其是文明的中心雅典受到的细菌侵袭最大。
总而言之，公元前至公元前年期间爆发的雅典瘟疫并不是孤立的事件，而是一连串的连锁反应。当然也有另一种说法，瘟疫可能源自埃塞俄比亚，并经过埃及、利比亚和波斯，以及其迅猛的速度扩散到希腊地区。
二、波斯帝国的远征对古代雅典的瘟疫有着不可推卸的责任
古希腊伟大的历史学家修昔底德为我们重现了这场瘟疫的从始至终。在伯罗奔尼撒战争中，也就是以雅典和斯巴达为主导的两股势力中，修昔底德在雅典任将军一职，就是在爱琴海北岸的一场战役中，他因救援军队到达不及时而战争失利，最后被放逐。被放逐的日子里，他陷入了对战争的苦苦思索中。痛苦的思索能够迸发出灵感的火花。著名的《伯罗奔尼撒战争史》就是在这样的历史环境下产生的作品。
修昔底德作为亲眼目睹和经历战争的将军，也是历史的直接见证者，他在《伯罗奔尼撒战争史》中描述了瘟疫流行的情况：
“即使是身强体壮的那些人也被突然到来的瘟疫击倒了，眼睛发红，剧烈的高烧，仿佛人们的耳鼻喉都迸发出火焰来了；身体内部的一些器官，舌头、口腔和咽喉都红肿充血，而且伴随着散发出很不自然的恶臭。随之，声音嘶哑，打喷嚏和流鼻涕。剧烈的咳嗽引发整个胸腔疼痛难忍。当它进入胃部后，胃便开始难受，体内的胆汁和其他各种各样的液体流出，同时人们的内心焦躁慌乱、忧愁烦躁。呕吐和腹泻的同时，身体水分大量流失导致干渴。患者身体表面的炎症明显发作，并恶化成溃疡，身体疼痛无比，导致人们难以入睡。
有些病人寻找水喝，或者索性跳到冷水中降温，甚至赤裸着身子在街上游荡。就算是这样，死亡还是如期地接踵而至。甚至家禽也感染疾病而死，乌鸦和鹰吃了无人掩埋的横七竖八的尸体后也死了。即使是侥幸存活着的人不是没了脚趾、手指头、嘴唇、眼睛，就是丧失了记忆力，无法正常运用人体的器官了。”
一方面是因为守住城市需要大量的军队人员，为了使城内的人口密度增加，雅典军队指挥者不得不把城外的人迁移到城内来守城。另一方面，雅典人在陆地上难以与伯罗奔尼撒人抗衡，所以让居民内躲到城内。
我们看到修昔底德记载着：“城市人口死亡增多，人口数量骤减。雅典人把乡村居民迁到了城市里，之后雅典人的情况变得更加糟糕了。尤其对于新来的乡村人影响特别不好，新来者像苍蝇一样死亡着。由于住在空气不流通的茅舍中，他们垂死者的身体互相堆积起来，半死的人在街上到处打滚……过去举行的传统仪式和葬礼都被取消了，他们把尸体摞到一起，一起焚烧了……”
人们在当时无法得知确切的病因，修昔底德写到：
“以前有很多看似很离奇古怪的古老的传说，在近代史上没有充分的证实，但是现在都成为了事实。比如说，日食和月食的出现率比过去的所有记载都更加频繁了；受到猛烈地震及其影响的区域更加广泛了；旱灾和涝灾遍及了希腊世界；尤其是这场严重的瘟疫，它给生命带来的伤害比其他任何因素都更大。随着战争的爆发，人类经历的所有灾难都一起袭击了希腊世界。”
从修昔底德的记录中，我们可以明显地看到波斯帝国的远征对古代雅典的瘟疫有着不可推卸的责任。
三、伯罗奔尼撒战争期间的瘟疫对古代雅典和斯巴达的影响
虽然从表面症状来看，普通疾病与瘟疫相差不多，但是两者的本质迥然不同。普通疾病属于个别现象，涉及范围不大，而瘟疫一旦爆发会影响广泛，整个社会陷入恐慌。依赖医疗控制瘟疫是不够的，控制瘟疫主要是取决于应对瘟疫的社会政策的有效性。尤其是执政者对突发应急事件采取的政策会影响历史的走向。
由于古代的科学医学技术不够发达，加之国家在瘟疫方面的管理职能不足，瘟疫传播蔓延都难以控制。控制瘟疫的办法主要是通过开仓放粮、发放赈灾物品、掩埋尸体，收效甚微。而行之有效的科学检疫和隔离制度是由十五世纪时的欧洲人建立起来的，他们同黑死病抗争后总结出了控制瘟疫的有效措施，他们展现了借鉴历史对人类的重要性，维持人类生命的延续。
瘟疫使得国家大量公民死亡，其中包括了统治阶级的少数精英分子。国家损失了高级领导人才，进一步导致了统治阶级内部争权夺利的局面更加严重。
众所周知，雅典的民主政治在伯里克利统治时期达到了顶峰。雅典在政治、哲学、艺术等领域都最为辉煌的时期，那个盛世的存在至今还影响着我们对文明社会的理解。正如伯里克利本人描述的那样：“我们的政权不在少数人手中，而是在全体公民手中，所以，我们的制度是民主政治。只要对国家有贡献，任何人都不会因为贫穷而在政治上默默无闻。”
然而公元前年，也就是雅典大瘟疫爆发后的第二年，伯里克利因感染瘟疫病毒身亡。雅典政治陷入了无序混乱的状态，露出了民主政治的弊端：国家失去了有效的统治力和控制力，公民权利无限扩大，一些别有用心的政客企图利用公民大会实现自己的政治目的。
另外，统治阶级运用轮流和抽签的办法治理国家政务导致了不公平。雅典的民主政治在内乱中损耗很大，国家综合实力被削弱了。
异政者以瘟疫区域性的爆发为切入口，实现了瓦解旧政权和建立新政权的目的。因此，瘟疫诱发了政治变革，成为战争的导火索。
瘟疫的爆发直接影响了伯罗奔尼撒战争的进程。公元前年夏天，伯罗奔尼撒人入侵阿提卡地区并大举向腹地推进，逼近雅典城的时看到雅典人不断地掩埋尸体，他们从失魂落魄的遇难者口中得知了雅典城内瘟疫爆发的消息。伯罗奔尼撒人害怕感染瘟疫细菌，立即改变了原有的入侵计划，迅速撤离。
雅典在此次免遭伯罗奔尼撒的入侵。同样在这个瘟疫肆虐的季节，雅典的哈格浓将军回到雅典后又去增援波提狄亚的雅典军队。但是因为雅典城内的瘟疫导致军队士兵死伤无数，战斗力丧失了。修昔底德写到：“哈格浓率领其舰队回雅典去了，他原有重装步兵名，大约40天之内，染疫身亡的就有人。”
在古代，雅典人认定是神保佑了伯罗奔尼撒人。他们很难解释，为什么瘟疫使雅典人遭受折磨，而伯罗奔尼撒人却能够避开瘟疫？瘟疫是战争双方面对的共同灾难，不论国别、民族和信仰。客观上可能会使战争缓解或者平息。例如，通过理性思考来分析历史上的同一场瘟疫，伯罗奔尼撒人和雅典人采取的战争策略不同，各自的历史走向区别很大。
瘟疫不仅影响了战争的攻势进退，还渗透到更深层面，直接作用于战争指挥中枢，从而影响了政治局面。例如，瘟疫爆发的时候，雅典民众把这场灾难归咎于伯里克利的统治，人们解除了他的职务，并且罚款。但是当没有人能代替伯里克利的时候，民众又恢复了他的权利。雅典帝国的鼎盛随着伯里克利的去世而衰落了。